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医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院。目前，共开放床位5750张，设有47个临床医技学科。近年来，门诊量580余万人次/年，出院患者30余万人次/年，开展手术17余万台次/年，平均住院日6.81天。
医院由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理，以中国科学技术大学管理为主。目前总占地面积（含规划面积）785亩，总建成面积61.7万平方米，总在建面积（不含规划建筑面积）54.9万平方米。规划建筑面积35万平方米。实行“一院多区”集团化、一体化和差异化发展战略，由总院（院本部）、南区（安徽省脑科医院、安徽省心血管病医院）、西区（安徽省肿瘤医院）、感染病院（合肥市传染病医院）组成，正在建设滨湖院区和北区。
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